Средняя величина эукариотической клетки – около 13 мкм (но существуют большие отклонения). Клетка разделена внутренними мембранами на различные компартменты (реакционные пространства). Три вида органелл (пласты) четко отграничены от остальной протоплазмы (цитоплазмы) оболочкой из двух мембран: клеточное ядро, митохондрии и пластиды (последние только у растений). Пластиды служат главным образом для фотосинтеза, а митохондрии для выработки энергии. Все пласты содержат ДНК в качестве носителя генетической информации.
Цитоплазма содержит различные органеллы, большей частью видимые только с помощью электронного микроскопа (табл. 1), в том числе и рибосомы, которые имеются также в пластидах и митохондриях. Все органеллы лежат в матриксе (это та часть цитоплазмы, которая даже в электронном микроскопе представляется гомогенной).
Существуют три основные формы эукариотических клеток: растительные клетки, клетки грибов и животные клетки (табл. 2).